Le sous-traitant agréé qui ne respecte pas la procédure perd le bénéfice du paiement direct. Pour obtenir le paiement direct de ce qui lui est dû, le sous-traitant agréé doit impérativement respecter la procédure de demande de paiement fixée par la loi du 31 décembre 1975 sur la sous-traitance et le décret no 2016-360 du 25 mars 2016.

Le Conseil d'Etat, dans un arrêt du 19 avril 2017, n°396174 rappelle les règles du paiement direct qui doivent être observées à peine de sanction pour le sous-traitant réfractaire :    

"3. Considérant qu'il résulte de la combinaison de ces dispositions que, pour obtenir le paiement direct par le maître d'ouvrage de tout ou partie des prestations qu'il a exécutées dans le cadre de son contrat de sous-traitance, le sous-traitant régulièrement agréé doit adresser sa demande de paiement direct à l'entrepreneur principal, titulaire du marché ; qu'il appartient ensuite au titulaire du marché de donner son accord à la demande de paiement direct ou de signifier son refus dans un délai de quinze jours à compter de la réception de cette demande ; que le titulaire du marché est réputé avoir accepté cette demande s'il garde le silence pendant plus de quinze jours à compter de sa réception ; qu'à l'issue de cette procédure, le maître d'ouvrage procède au paiement direct du sous-traitant régulièrement agréé si le titulaire du marché a donné son accord ou s'il est réputé avoir accepté la demande de paiement direct ; que cette procédure a pour objet de permettre au titulaire du marché d'exercer un contrôle sur les pièces transmises par le sous-traitant et de s'opposer, le cas échéant, au paiement direct ; que sa méconnaissance par le sous-traitant fait ainsi obstacle à ce qu'il puisse se prévaloir, auprès du maître d'ouvrage, d'un droit à ce paiement ;"

Le Conseil d'Etat rend ainsi une décision stricte qui remet en cause la position plus souple que certaines cours administratives d’appel avaient adoptée en jugeant que « le sous-traitant régulièrement agréé, qui n'a pas respecté cette procédure, ne saurait pour autant être définitivement privé du bénéfice du paiement direct que si le maître d'ouvrage justifie que, faute d'avoir été saisi par lui en temps utile d'une demande de paiement, il a été amené à payer, dans des délais normaux, l'entreprise principale » (CAA Lyon, 19 nov. 2015, n° 14LY03599. Egalement en ce sens CAA Bordeaux, 2 avr. 2013, n° 11BX02720).